1. Komórki nabłonka płaskiego z jego warstwy powierzchownej, średniej wielkości, wieloboczne lub okrągłe, z ziarnistym jądrem różnej wielkości. Komórki warstw głębszych – pośrednie i przypodstawne występują znacznie rzadziej, co świadczy o niezbyt intensywnym złuszczaniu się nabłonka.

2. Limfocyty różnej wielkości – od postaci młodych o szerokim rąbku cytoplazmy do drobnych, bardzo dojrzałych, o intensywnie barwiącym się jądrze.

3. Leukocyty obojętnochłonne, przeważnie wielojądrzaste.

4. Histiocyty – o intensywnie ale nierówno barwiącym się jądrze, mogące zawierać pyłki i zanieczyszczenia.

5. Rzadko spotykane plazmocyty, krwinki czerwone, pasemka śluzu i szczątki komórkowe.

Niezależnie od wielkości i makrostruktury anatomicznej, budowa histologiczna głównych składowych migdałków, tzn. tkanki limfatycznej i nabłonkowej jest podobna.

Migdałki podniebienne pokryte są nabłonkiem wielowarstwowym płaskim nierogowaciejącym. Nabłonek ten wnikając w głąb tworzy na wolnej powierzchni migdałka ok. 8-20 zagłębień. Te szczelinowate zagłębienia (krypty pierwotne) wiodą do rozgałęziających się na coraz mniejsze odnogi, aż do sześciorzędowych przewodów – krypt (zatok, dołków) migdałkowych wtórnych. Powoduje to, że strukturę migdałka porównuje się czasami do struktury gąbki kąpielowej. Obecność rozbudowanego systemu krypt sprawia, że powierzchnia pokryta nabłonkiem w jednym tylko migdałku wynosi ok. 295 cm². Krypty te sięgać mogą w głąb, aż do torebki łącznotkankowej (ryc. 8).

Nabłonek migdałkowy w miarę wnikania w głąb narządu staje się stopniowo coraz niższy, miejscami zatraca ciągłość i jest obficie nacieczony przez wędrujące do światła krypt limfocyty. W miejscach tych sprawia on wrażenie „podziurawionego” (siateczkowego), a silne nacieczenie jego podstawnych warstw powoduje zupełne zatarcie jego dolnej granicy. Ta zmieniona tkanka nabłonkowa otrzymała nazwę tkanki limfatyczno-nabłonkowej lub inaczej limfoepitelialnej.

W okołogrudkowej strefie podnabłonkowej znajduje się system naczyń kapilarnych (High Endothelial Venules) zbudowanych z błony podstawnej oraz charakterystycznego w obrazie mikroskopowym nabłonka naczyniowego. Wspomniany system naczyń składa się z naczyń włosowatych właściwych o wymiarach 3-15 mm oraz stanowiących ich kontynuację sinusoidów o średnicy od 15,1 do 120 mm.

Limfocyty strefy podnabłonkowej, leżące pod błoną podstawną znajdują się w fazie zaktywowanej o czym świadczyć może, widoczna w mikroskopie elektronowym, obecność polirybosomów w cytoplazmie, wzrost liczby mitochondriów oraz jąderek i euchromatyny jądrowej. Limfocyty te pochodzą ze znajdujących się głębiej centrów rozrodczych, a także z puli komórek znajdujących się w krążeniu, recyrkulujących między systemem naczyń włosowatych, a nabłonkiem siateczkowym migdałka. Przechodzące do światła zatok limfocyty w części obumierają i przekształcają się w tzw. ciałka ślinowe. W preparatach cytologicznych mają one postać zwyrodniałych, pęcherzykowatych komórek, o więcej lub mniej zbitym jądrze, z ziarnistościami, w których zauważyć można ruchy Browna. W odróżnieniu od nich ciałka ślinowe, które powstały z granulocytów obojętnochłonnych, rozpoznać można dzięki szczątkom ich ziarnistości i wielokształtnemu jądru.

W kryptach migdałkowych mogą, jak to już było wspomniane, gromadzić się duże ilości żywych i martwych limfocytów zmieszanych ze złuszczonymi nabłonkami (w tym komórkami nabłonkowymi M), komórkami dendrytycznymi, komórkami Langerhansa, produktami rozpadu tkanek, cząstkami pokarmu i bakteriami. Ocenia się, że w jednym gramie wydzieliny z krypt migdałkowych obecnych być może ok. 10⁸ bakterii, przy około dziesięciokrotnej przewadze występowania bakterii beztlenowych.

Pod wpływem procesów zapalnych toczących się w migdałkach do zatok przedostaje się znacznie większa liczba limfocytów, a ponadto dużo leukocytów i złuszczonych komórek nabłonka zatoki. Masy te mogą się powiększać i tworzyć czopy, które są stopniowo wydalane. W wyjątkowo rzadkich przypadkach mogą one ulec zwapnieniu – tworzą się wówczas kamienie migdałkowe. Przewlekłe procesy zapalne doprowadzić mogą również do tworzenia się w obrębie migdałków wysepek chrząstki i kości (ryc. 9, 10).

Pod nabłonkiem pokrywającym migdałki znajduje się cienka warstwa tkanki łącznej, zawierającej znaczną ilość włókien tworzących brodawki. W tkance tej można zaobserwować zawsze różnej wielkości limfocyty, komórki tuczne oraz plazmocyty.

Analizując budowę mikroskopową ludzkiego migdałka podniebiennego w rejonach położonych w pobliżu krypt, wykazać można, obecność struktur analogicznych do grasiczych ciałek Hassala. Zakłada się, że ciałka te powstają w wyniku zamknięcia końcowych mikrokrypt migdałkowych podczas stymulacji antygenowej. Komórki nabłonkowe wyściełające te mikrokrypty, zamiast ulegać złuszczeniu do ich światła, mogą utracić swą polaryzację i w znacznym stopniu wnikać w parenchymę, tworząc koncentrycznie ułożone parakeratotyczne perły. Podobieństwo strukturalne ciałek migdałkowych i ciałek Hassala wytłumaczyć można na gruncie podobnej endodermalnej embriogenezy obu narządów oraz strukturalnej homologii wszystkich narządów limfoepitelialnych. W pobliżu krypt migdałkowych występują jednak przede wszystkim skupienia tkanki chłonnej o cechach aktywnych centrów rozrodczych – drugorzędowe grudki limfatyczne. Grudki limfatyczne mają kształt owalny i nie są ostro odgraniczone od otaczających tkanek, do których przenikają powstające w nich limfocyty. W preparatach histologicznych wybarwianych hematoksyliną i eozyną grudki chłonne, w związku z dużym nagromadzeniem i zagęszczeniem jąder limfocytów, wybarwiają się na ciemnoniebiesko.

Części zewnętrzne grudek, zwrócone w kierunku krypt określane są jako korona lub strefa płaszczowa.

Ośrodki rozmnażania grudek pojawiają się w kilka dni po stymulacji antygenem, a w przypadku braku dalszego jego napływu zanikają średnio po ok. trzech tygodniach.

W przypadku pobudzenia grudki limfatycznej przez antygen, w początkowym okresie, w jej środku pojawia się przejaśnienie określane jako centrum lub ośrodek rozmnażania. Przejaśnienie to wywołane jest luźniejszym układem chromatyny w jądrach intensywnie proliferujących limfocytów. Strefa ta wyraźnie odróżnia się od ciemno wybarwiającej się obwodowej części grudki zwanej pasem zagęszczenia. W strefie tej występują głównie limfocyty spoczynkowe posiadające bardziej zbitą chromatynę, co prowadzi do intensywniejszego pochłaniania hematoksyliny.

W końcowej fazie procesu intensywnej proliferacji budowa grudki jest bardziej skomplikowana, co pozwala na wyróżnienie kilku obszarów. W obszarze jasnym dominują centrocyty, natomiast w ciemnym centroblasty (tzn. limfoblasty powstałe w wyniku pobudzenia i proliferacji limfocytów B). W centralnej części grudki zaobserwować można często niewielką tętniczkę (ryc. 11).

Strefa międzygrudkowa, zajmująca przestrzeń pomiędzy grudkami limfatycznymi zawiera postkapilarne naczynia żylne wysłane nabłonkiem endotelialnym. Jest to ważna droga, dzięki której limfocyty mogą wnikać do wnętrza migdałka, jak też opuszczać go. Komórki śródbłonka wspomnianych naczyń mają wpływ regulacyjny na migrację leukocytów. Zaktywowane komórki endotelialne są wyższe, posiadają dobrze wykształcone organelle komórkowe oraz widoczne jąderka.

Sieć naczyń włosowatych migdałka jest źródłem limfocytów znajdujących się w nabłonku krypt migdałkowych. Komórki leukocytarne migrują poprzez połączenia międzykomórkowe lub przez cytoplazmę komórek śródbłonka. Możliwa jest dzięki temu recyrkulacja limfocytów pomiędzy nabłonkiem siateczkowatym migdałka i krążeniem.

Metodami immunohistochemicznymi, udało się wykazać, że w naczyniach blisko torebki migdałka znajdują się głównie limfocyty T.

W badaniach Dono i wsp. z 1996 r. oceniano subpopulację podnabłonkowych limfocytów B, stanowiących ok. 5-10% wszystkich limfocytów B w migdałku podniebiennym. Wykazano m.in., że komórki te różnią się immunohistochemicznie od pozostałych limfocytów migdałkowych. I tak, małe (CD5–) limfocyty podnabłonkowe wykazywały fenotyp powierzchniowy IgM+, IgD+, CD23–, CD38?, CD10–, CD44+, podczas gdy np. limfocyty B centrów rozrodczych posiadały fenotyp CD23–,CD39–, CD38+, CD10+, CD44?, IgG+, a limfocyty zlokalizowane w obrębie płaszcza grudek limfatycznych miały fenotyp IgM+, IgD+,CD23+, CD39+, CD38–, CD10–, CD44++. W badaniu kolejnym wykazano dodatkowo różnice funkcjonalne pomiędzy poszczególnymi subpopulacjami migdałkowych limfocytów B. Wśród komórek immunologicznie aktywnych migdałka wyróżnić można cztery grupy: