W obrębie kryptolimfonu dochodzi do szeregu zjawisk określanych jako „symbioza limfoepitelialna”.

W trakcie aktów żucia, połykania, itp., na skutek działania mięśni zwieraczy gardła, dochodzi początkowo do wydalania treści z krypt, a następnie do zasysania do krypt nowych substancji z jamy ustnej, a konkretnie z powierzchni migdałków. Antygeny zostają przemieszczone do światła krypt, m.in. za pomocą wyspecjalizowanych komórek nabłonka, określanych w literaturze jako komórki mikropor lub komórki M. Komórki te posiadają liczne mikrofałdy na swej powierzchni skierowanej do światła krypt. Są one zdolne do absorpcji, transportu, obróbki i prezentowania antygenów w pobliże podnabłonkowych limfocytów znajdujących się w warstwie siateczkowej.

W publikacjach podkreśla się znaczenie nabłonka siateczkowatego wyściełającego krypty, jako wyspecjalizowanej struktury ważnej w immunologicznym funkcjonowaniu migdałka jako całości. Wydaje się, że głównymi zadaniami nabłonka migdałkowego są:

– utrzymywanie sytuacji sprzyjającej ścisłemu kontaktowi pomiędzy komórkami efektorowymi odporności immunologicznej,

– ułatwienie właściwego transportu antygenów,

– ciągła synteza substancji sekrecyjnych,

– wiązanie pewnej puli immunoglobulin.

Ponieważ limfocyty T nie są w stanie rozpoznać wolnego egzogennego antygenu, musi on zostać przetworzony przez komórki innego typu i dopiero wówczas zaprezentowany komórkom T. Te inne komórki to tzw. komórki prezentujące antygen (APC) należące do układu komórek szeregu makrofagów/monocytów i układu komórek dendrytycznych. Ich cechą charakterystyczną jest obecność powierzchniowych cząsteczek klasy MHC II, niezbędnych do prezentacji antygenu. Cząsteczki MHC II są zdolne do wiązania się z wieloma typami antygenów, lecz powinowactwo wiązania jest różne dla różnych epitetów. Komórki APC mają zdolność rozkładania złożonego antygenu białkowego na fragmenty peptydowe, które po związaniu ze wspominanymi cząsteczkami MHC II są następnie transportowane na powierzchnię komórki. W ten sposób związany z błoną kompleks jest przygotowany do interakcji z receptorem komórki T (obecnej na komórce swoistej dla danego antygenu), a więc do tzw. prezentacji antygenu.

Na limfocytach T cząsteczka rozpoznająca jest nazywana receptorem antygenowym (TCR). Receptor TCR jest kompleksem polipeptydowym, a dwa szczególne łańcuchy polipeptydowe nadają mu swoistość antygenową. Najczęściej spotykaną kombinacją jest taka, w której występują łańcuchy a i b. O wiele rzadziej występuje kombinacja g i d. Na komórkach B takimi samymi receptorami są zmodyfikowane cząsteczki przeciwciał zakotwiczone w błonie komórkowej.

Na powierzchni limfocytów i innych komórek obecne są również inne cząsteczki, które zaczęto opisywać w latach 60-tych. Te cząsteczki białkowe określane są jako markery układu zróżnicowania (CD), np. dla limfocytów T takim merkerem jest cząsteczka CD3 posiadająca duże znaczenie w procesie prezentacji antygenu.

Receptory związane z błoną komórkową są glikoproteinami i jak wszystkie białka tworzą trójwymiarowe struktury. Ten przestrzenny układ białka rozpoznawany jest przez inne białka, które wiążą się z receptorem dzięki komplementarnemu kształtowi i ładunkowi elektrycznemu odpowiednich aminokwasów. Bezpośredni kontakt komórki APC z limfocytem T jest wspomagany przez liczne cząsteczki adhezyjne, utrzymujące komórki razem do czasu zakończenia procesu komunikowania się między nimi.

To czy poszczególna komórka będzie reagowała z antygenem prezentowanym przez cząsteczkę klasy I czy II uzależnione jest od dodatkowych cząsteczek, które na niej występują. Markery CD4 występujące na limfocytach pomocniczych T są odpowiedzialne za wiązanie z cząsteczkami MHC II na komórkach APC. Markery CD8 są natomiast obecne na limfocytach T cytotoksycznych i odpowiadają za wiązanie z cząsteczkami MHC I. Trzy krótkie łańcuchy polipeptydowe CD3 połączone z receptorem TCR związane są z transdukcją sygnału do komórki.

Stymulacja antygenowa limfocytów i ich następcza aktywacja, proliferacja i różnicowanie kontrolowane są przez cytokiny, czyli drobnocząsteczkowe substancje białkowe wytwarzane przez komórki w celu komunikowania się z innymi komórkami i w celu wpływania na ich funkcje.

Cytokiny, które określić można jako „hormony układu immunologicznego”, działają efektywnie już w bardzo małych stężeniach, wiążąc się z receptorami cytokinowymi o dużej swoistości obecnymi na powierzchni komórek (receptory typu III działające za pomocą kinaz białkowych).

Cytokiny poprzez swe wielokierunkowe działanie pełnią ważne funkcje regulacyjne w układzie immunologicznym, zaś przede wszystkim wpływają na komórki T kierujące w znacznej mierze odpowiedzią immunologiczną. Istotna rola cytokin prozapalnych polega też m.in. na przeciąganiu i aktywacji wielu komórek biorących udział w procesie zapalnym, bez czego wiele reakcji odpornościowych byłoby nieefektywnych w eliminowaniu antygenów.

Wywoływana poprzez antygen aktywacja „dziewiczych” komórek T_h wymaga, oprócz wspomnianej wcześniej prezentacji antygenu przez komórki APC, również obecności wytwarzanej przez nie IL-1. Efektem takiego uaktywnienia limfocytów T jest wytwarzanie IL-2, niezbędnej do wzrostu, ekspansji klonalnej i dalszego różnicowania limfocytów T.