Zakażenia atypowe są wywołane przez patogeny rozwijające się wewnątrzkomórkowo, do których należą:

1. Mycoplasma pneumoniae.

2. Chlamydie (Chlamydophilla pneumoniae, Chlamydophilla trachomatis, Chlamydophilla psittaci),

3. Coxiella burnetii.

4. Legionella pneumophila.

Część badaczy zalicza do tej grupy wirusy. Wymienione patogeny wywołują ostre zakażenia dróg oddechowych – gardła, krtani i tchawicy, zapalenie oskrzeli, oskrzelików i zewnątrz szpitalne zapalenie płuc. Zakażeniom Mycoplasma pneumoniae, a zwłaszcza Chlamydia pneumonie i wirusom (RS, rinowirusom, korona i grypy) przypisuje się udział w kształtowaniu patomechanizmu astmy oskrzelowej i przewlekłej obturacyjnej choroby płuc.

W ocenie zagrożeń, wynikających z zakażeń patogenami atypowymi, należy uwzględnić następujące zagadnienia:

Diagnostyka zakażenia mykoplazmatycznego i chlamydiowego jest ciągle niedoskonała.

W rozpoznawaniu zakażenia mykoplazmatycznego stosuje się metody serologiczne: odczyn wiązania dopełniacza, immunoelekroprecypitacji w żelu agarowym i metodę immunoenzymatyczną (ELISA), a także hodowlę patogenu. W dalszym ciągu istotne znaczenie ma wzrost miana przeciwciał i stąd dokładna diagnostyka wymaga czasu. Podkreśla się też rolę techniki metodą PCR lub amplifikacją kwasów nukleinowyh (NASBA). Należy ostrożnie podchodzić do wyników negatywnych zwłaszcza, gdy dane kliniczne wskazują na zakażenie Mycoplasma pneumoniae. Bezpośrednie wykrycie chlamydii jest możliwe metodą immunofluorescecji lub amplifikacji DNA, ale dostępność tych metod jest ograniczona. Zalecane są natomiast metody serologiczne. Rozpuszczalne antygeny Legionella określa się metodą EIA w moczu i innych płynach ustrojowych. Czułość tego testu w zależności od stopnia zagęszczenia moczu wynosi od 66-90%. W chorobie legionistów opisywano czułość tej metody sięgająca 100%.

Przykładem jest łączne występowanie zakażenia bakteriami atypowmi i gram ujemną pałeczką krztuśca (Bordetella pertusis).

W chorobach dróg oddechowych klinicznie dość trudno odróżnić zakażenia atypowe wywołane Chlamydophilla pneumoniae od zakażenia Mycoplasma pneumoniae. Zakażenia te mają przebieg łagodny, ale niekiedy mogą zakończyć się zgonem. Z ostatnich badań wynika, że za wirulencję Mycoplasma pneumoniae odpowiadają takie białka, jak – Human Lung –Enriched Protein A (SP-A), odpowiedzialne najprawdopodobniej za ciężki niekiedy przebieg zakażenia, przypominający ARDS, określany jako CARDS (Community Aquired Respiratory Distress Syndrom). Przewlekłemu zakażeniu Chlamydophilla pneumoniae przypisuje się związek z chorobą wieńcową, chorobą Alzheimera czy zespołem przewlekłego zmęczenia (fibromialgii).