Klinika Pediatrii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego (CMKP) powstała w 1976 roku z inicjatywy prof. dr hab. med. Marii Janiny Niżnikowskiej-Marks. Nową jednostkę uczelni zlokalizowano w Wojewódzkim Szpitalu Dziecięcym im. J. P. Brudzińskiego w Dziekanowie Leśnym koło Warszawy. Tam przez ponad 21 lat Klinika Pediatrii CMKP prowadziła działalność dydaktyczną i naukową oraz realizowała zadania diagnostyczno--lecznicze. W zakresie dydaktyki prowadzono podyplomowe kształcenie specjalizacyjne w dziedzinie pediatrii i doskonalenie zawodowe pediatrów. Natomiast działalność kliniczną prowadzono w oddziałach: niemowlęcym, dla dzieci starszych oraz w oddziale patologii noworodka. Zadania naukowe realizowano w oparciu o pracownie hematologiczną i immunologiczną. Badania naukowe dotyczyły chorób infekcyjnych i ich powikłań, chorób rozrostowych układu krwiotwórczego, konfliktu serologicznego, zaburzeń hemostazy, zaburzeń odporności komórkowej, chorób układu moczowego i chorób układowych tkanki łącznej.

Jesienią 1994 roku, w związku z przejściem na emeryturę Profesor M. J. Niżnikowskiej-Marks kierownikiem Kliniki został dr hab. med. Jacek Grygalewicz. Placówka kontynuowała działalność dydaktyczną, naukową i leczniczą, ale już bez własnych pracowni, które zostały zlikwidowane wcześniej przez Dyrekcję Szpitala. Mimo złego klimatu współpracy z Dyrekcją Szpitala Klinika realizowała swoje zadania w Dziekanowie Leśnym jeszcze przez 3,5 roku. Z uwagi na brak możliwości spełnienia żądań ówczesnej Dyrekcji Szpitala, która dążyła do przeniesienia kosztów diagnostyczno-leczniczej działalności Kliniki na CMKP, ówczesny Dyrektor CMKP prof. dr hab. med. Jan Doroszewski, podjął decyzję o czasowym przeniesieniu Kliniki Pediatrii CMKP do Instytutu Matki i Dziecka w Warszawie. W ciągu następnych 3 lat Klinika Pediatrii CMKP kontynuowała swoją pracę w Instytucie Matki i Dziecka w Warszawie, ale bez możliwości prowadzenia działalności leczniczej.