Sekcja Fitoterapii PTL została powołana w dniu 27 listopada 1998 roku, a zatem jesienią tego roku minie 15 lat jej istnienia.

Sekcja Fitoterapii PTL powstała dzięki inicjatywie i zaangażowaniu przedstawicieli środowiska zielarskiego i medycznego, m.in. dra Jerzego Jambora, prof. Jerzego Lutomskiego, prof. Jana Hasika, prof. Jerzego Alkiewicza i dra Witolda Kapczyńskiego. Widzieli oni potrzebę utworzenia organizacji jednoczącej specjalistów z różnych dziedzin, przychylnie nastawionych do fitoterapii, w sytuacji coraz większego opanowywania rynku lekarskiego przez nieuprawnionych do tego różnego autoramentu uzdrowicieli i zielarzy. W tym miejscu należy wspomnieć o dużym poparciu dla tej idei ze strony prezesa PTL – prof. Jerzego Woy-Wojciechowskiego, wielkiego orędownika leku roślinnego.

Sekcja Fitoterapii postawiła sobie za cel wspieranie badań naukowych w dziedzinie fitoterapii oraz upowszechnianie doświadczalnej wiedzy lekarskiej związanej ze stosowaniem leków roślinnych. Temu celowi służy organizowanie sejmików i konferencji naukowych. Sekcja wydaje również czasopismo „Postępy Fitoterapii”, popularyzujące wśród lekarzy i farmaceutów badania analityczne, biologiczne, farmakologiczne i kliniczne w zakresie surowców i leków roślinnych.

Ziołolecznictwo, czyli fitoterapia, nie jest jeszcze, jak się wydaje, z dostatecznym uznaniem traktowane przez lekarzy, a także przez część farmaceutów. Można spotkać się z opinią, że fitoterapia jest alternatywą w odniesieniu do terapii lekami syntetycznymi. Otóż Sekcja Fitoterapii stoi na stanowisku, że jest ona uzupełnieniem lub wspomożeniem terapii preparatami syntetycznymi. Stąd od samego początku Sekcja uczestniczy w szkoleniu lekarzy i farmaceutów w zakresie fitoterapii.

Należy dodać, ze istnieje ścisła współpraca pomiędzy Sekcją Fitoterapii PTL, a Polskim Komitetem Zielarskim. Warto przypomnieć, że to Zarząd Główny Polskiego Komitetu Zielarskiego wystąpił z formalnym wnioskiem w 1988 roku do Polskiego Towarzystwa Lekarskiego o powołanie Sekcji Fitoterapii, a dr Jerzy Jambor, ówczesny wiceprezes PKZ, reprezentował Sekcję na posiedzeniu Zarządu Głównego PTL. Działalność obu organizacji jest całkowicie różna. O ile działalność Polskiego Komitetu Zielarskiego dotyczy przede wszystkim pozyskiwania, wytwarzania i oceny jakościowej surowców i preparatów zielarskich, to Sekcja Fitoterapii PTL zajmuje się głównie ich praktycznym wykorzystaniem w terapii.