Wydzielnicze IgA obecne są na powierzchni wszystkich błon śluzowych, ich wydzielanie jest wynikiem kontaktu bakterii z tkanką limfatyczną układu pokarmowego i oddechowego. Chronią one przed przyleganiem bakterii, należących do flory fizjologicznej, do komórek nabłonka i przez to zabezpieczają przed infekcją. Godny uwagi jest fakt, że ten rodzaj odporności jest swoisty i jest wynikiem długotrwałej ekspozycji na antygeny bakteryjne. Obce bakterie, z którymi dany osobnik nie zetknął się wcześniej, nie posiadają swoistego dla siebie wydzielniczego IgA. Trzeba tygodni, a nawet miesięcy, aby dana osoba mogła wyprodukować IgA, skierowane przeciwko nowo nabytym bakteriom.

Flora fizjologiczna musi być więc rozumiana jako ekosystem delikatny, podatny na zniszczenie, funkcjonujący w warunkach dynamicznej równowagi – z jednej strony chroni ona gospodarza przed zakażeniem obcymi, patogennymi bakteriami, z drugiej z kolei gospodarz jest chroniony przed zakażeniami, wywołanymi bakteriami, należącymi do jego własnej flory. Antybiotykoterapia może prowadzić do bardzo poważnych zakłóceń w tym ekosystemie. Nie istnieje antybiotyk, który działałby tylko na bakterie chorobotwórcze. Flora fizjologiczna zawsze doznaje uszczerbku w jakimś zakresie, zależnym od spektrum antybiotyku oraz jego właściwości farmakokinetycznych. Antybiotyki o szerokim spektrum oraz antybiotyki wydzielane przez skórę i błony śluzowe wywołują duże spustoszenia we florze fizjologicznej. Do takich często stosowanych antybiotyków i chemioterapeutyków należą na przykład: tetracykliny, chloramfenikol, kotrimoksazol, cefalosporyny trzeciej generacji, karbapenemy i fluorochinolony. Po zniszczeniu flory fizjologicznej chory kolonizowany jest bakteriami z najbliższego otoczenia. Może się zdarzyć, że bakterie te będą bardziej wirulentne i bardziej oporne na antybiotyki niż patogen pierwotny, który zniszczony został dzięki antybiotykowi. Kolonizacja taka, z uwagi na fakt, że dana osoba nie ma swoistej odporności przeciwko nowo nabytym bakteriom (brak swoistych, wydzielniczych IgA), na ogół prowadzi do zakażenia. Powstaje błędne koło, polegające na tym, że leczenie antybiotykami predysponuje do kolejnych zakażeń, wywołanych na ogół bakteriami bardziej zjadliwymi i bardziej opornymi na stosowane antybiotyki, co z kolei pociąga za sobą konieczność stosowania antybiotyków o coraz szerszym spektrum. Wynika stąd, że utrzymywanie flory fizjologicznej pacjenta w stanie nienaruszonym, poprzez restrykcyjne stosowanie antybiotyków jest jednym z najważniejszych czynników, zabezpieczających przed kolejnymi zakażeniami. Dbanie o florę fizjologiczną pacjenta polega również na podawaniu równolegle z antybiotykiem preparatów, takich jak Lakcid lub Trilac. Zawierają one liofilizowane pałeczki z rodzaju Lactobacillus, które są oporne na najczęściej stosowane antybiotyki i mogą zastąpić funkcję flory fizjologicznej przewodu pokarmowego, która ulega zniszczeniu podczas antybiotykoterapii. Jest to bardzo istotne działanie, zabezpieczające przed kolonizacją bakteriami patogennymi, o którym niestety bardzo często się zapomina.

Celem restrykcyjnej polityki antybiotykowej jest rozpoznanie chorych, którzy mogą odnieść korzyść z leczenia antybiotykami i zapewnienie im optymalnego leczenia oraz unikanie antybiotykoterapii u tych chorych, którzy jej nie potrzebują. Optymalna terapia antybiotykowa oznacza terapię o wysokiej skuteczności, obciążoną możliwie najmniejszymi działaniami ubocznymi, co oznacza, że wpływa ona w bardzo niewielkim stopniu na florę fizjologiczną oraz wiąże się z niskim ryzykiem rozwoju oporności na antybiotyki; niebagatelne są również niskie koszty tego typu leczenia. Z praktyki wiadomo, że ordynowanie antybiotyku jest łatwe, znacznie trudniej jest podjąć decyzję o niepodawaniu go. Lekarze mają poważny dylemat, gdyż obawiają się „przegapić” zakażenie bakteryjne – i trudno im się dziwić. Bywa też tak, że pacjent nalega na podanie antybiotyku. Faktem jest, że bywają sytuacje, w których antybiotyki są stosowane bardziej dla zapewnienia poczucia bezpieczeństwa lekarza niż dla leczenia udokumentowanego zakażenia. Chyba żadne ze stosowanych współcześnie leków nie budzą tylu kontrowersji, co antybiotyki. Trzeba zdawać sobie sprawę, że przedwczesne lub niepotrzebne podanie antybiotyku może mieć bardzo poważne następstwa. Po pierwsze, daje lekarzowi fałszywe poczucie bezpieczeństwa, co może opóźnić niezbędne procedury diagnostyczne i terapeutyczne. Po drugie, rzadko myśli się o tym (a należałoby to robić zawsze, decydując się na podanie antybiotyku), że antybiotykoterapia wywołuje efekty uboczne, określane często jako „biologiczne” lub „ekologiczne”, dotyczące nie tylko chorego, który jest aktualnie leczony, ale również osób, które ulegną zakażeniu w przyszłości. Po trzecie wreszcie, ponieważ ilość antybiotyków jest ograniczona, bezkrytyczne ich stosowanie może spowodować, że będą one nieskuteczne w sytuacjach, w których ich zastosowanie jest jak najbardziej wskazane. Natura wyposażyła bowiem bakterie w zadziwiająco skuteczną zdolność do tworzenia i przekazywania genów oporności.

Oporność może osiągać różny stopień natężenia – od częściowej do całkowitej. Z medycznego punktu widzenia drobnoustrój oporny to taki, który nie jest zabijany lub którego wzrost nie jest hamowany przez antybiotyk w stężeniu, które osiąga on po podaniu przeciętnie stosowanej dawki. Niektóre gatunki bakterii posiadają niejako „wrodzoną” oporność na niektóre grupy antybiotyków, gdyż albo nie posiadają charakterystycznego dla nich punktu uchwytu albo antybiotyki te nie przenikają do ich wnętrza. Natomiast wśród gatunków, które ze swej natury są wrażliwe na dany antybiotyk, pojawiają się szczepy, u których na drodze różnych mechanizmów powstaje oporność. Równolegle do wciąż pojawiających się nowych antybiotyków, wśród bakterii pojawiają się szczepy, które są na nie oporne. Oporność może powstać na drodze pojedynczej mutacji w obrębie materiału chromosomalnego, która objawia się poprzez zdolność do syntezy zmienionego białka. W obecności antybiotyku mutanty mają przewagę w stosunku do reszty populacji, przeżywają i przewyższają ilością populację wrażliwą. Mogą one rozprzestrzenić się do innych nisz ekologicznych u tego samego osobnika lub też mogą zostać przeniesione na inne osoby. Przeżycie, zależne od przypadkowej mutacji materiału chromosomalnego, nie zadowala jednak bakterii całkowicie. Posiadają one również zdolność nabywania genów oporności, zlokalizowanych na plazmidach (pozachromosomalny, cytoplazmatyczny materiał genetyczny). Na jednym plazmidzie często kodowane są geny oporności na szereg nie spokrewnionych ze sobą grup antybiotyków. Tak więc bakteria ma szansę nabyć oporność na wiele różnych antybiotyków równocześnie. Co ciekawe, plazmidy takie mogą być przekazywane również międzygatunkowo. Geny oporności mogą również znajdować się na transpozonach (są to tzw. „skaczące geny”), które są zdolne do integracji z materiałem genetycznym zarówno chromosomu, jak i plazmidów.

W efekcie nabycia genów oporności bakteria staje się częściowo lub całkowicie oporna na dany antybiotyk w wyniku rozwinięcia się trzech zasadniczych mechanizmów efektorowych:

1.zmiana punktu uchwytu antybiotyku (modyfikacja cząstki docelowej, zmniejszenie powinowactwa do antybiotyku);

2.utrudniony dostęp antybiotyku do miejsca uchwytu (modyfikacja przepuszczalności ściany komórkowej, utrudnione przenikanie antybiotyku do komórki bakteryjnej lub aktywne usuwanie antybiotyku z komórki);

3.inaktywacja antybiotyku poprzez enzymy (np. produkcja beta-laktamaz).